今回は、狙った遺伝子の配列を変えて、アミノ酸置換(ミスセンスあるいはナンセンス)させます。
1.ガイドRNAのデザイン
・ターゲット配列周辺のゲノムDNAを準備する。
・ガイドRNAのデザインサイトを利用
代表的なものとして、CRISPR DESIGN
search name*: 適当な名前を入れる
email address*: メールアドレスを入れる
sequence type: other region (23-500 nt)を選択
target genome: rat (rn5)を選択
sequence: 貼り付ける
・Agree and Submitを押す。
・数分するとResults画面に変わるので、Guides & offtargetsを押して、結果をみる。
・貼り付けた配列上にデザインされたガイドRNAがスコア順にでてきます。
・ガイドRNAの3'側にはPAM配列が記載されています。