2017年3月23日木曜日

ガイドRNAのデザイン

CRISPR/Cas9システムを使って遺伝子改変ラット(ノックイン)を作製する方法を紹介します。

今回は、狙った遺伝子の配列を変えて、アミノ酸置換(ミスセンスあるいはナンセンス)させます。

1.ガイドRNAのデザイン
 ・ターゲット配列周辺のゲノムDNAを準備する。

 ・ガイドRNAのデザインサイトを利用
  代表的なものとして、CRISPR DESIGN
     search name*: 適当な名前を入れる
     email address*: メールアドレスを入れる
   sequence type: other region (23-500 nt)を選択
     target genome: rat (rn5)を選択
     sequence: 貼り付ける

 ・Agree and Submitを押す。

 ・数分するとResults画面に変わるので、Guides & offtargetsを押して、結果をみる。

 ・貼り付けた配列上にデザインされたガイドRNAがスコア順にでてきます。

 ・ガイドRNAの3'側にはPAM配列が記載されています。